go over one’s head とは?

頭の上を越えてしまうイメージを思い浮かべるとなんとなく想像できるかもしれません。
これは、「難しくて理解できない、理解を超えている」という意味になります。
例)Longmanの英英辞典より
The explanation went completely over my head.
(その説明は、難しくて理解できなかった)

難しすぎて理解できないという意味では、above one’s headという言葉もあります。
例)ジーニアス英和辞典より
Her lecture is above my head.
(彼女の講義は、私には難しすぎる)

難しいという意味では、difficultという単語が最初に浮かびますが、上のようなイディオムを覚えておくと表現の幅が広がりますね。
hardという単語も「難しい」を表現できます。
例)
This course is too hard for me.
(このコースは、難しすぎます)