What a pain! とはどいう意味？

pain は、肉体的な痛み、精神的な苦痛という意味です。

I have a severe pain in the lower back.
(腰がひどく痛い）

painには、口語で「いやな人、いやな事」という意味があり、
This is a pain. というと、「いやな事だ」、つまり、「面倒くさい」という意味になります。